Уровни существования BTN
“Индивидуальный” уровень: отдельная мидия, как биотоп для паразита
“Популяцинный” уровень: поселение мидий, как биотоп для паразита
Индивидуальный уровень
Индивидуальный уровень: Влияние зараженности BTN1 и BTN2 на продукцию гамет
Индивидуальный уровень: Влияние зараженности BTN1 и BTN2 на продукцию гамет
| Член модели | edf | Chi2 | p-value |
|---|---|---|---|
| s(Rate_of_aneuploid_cells):BTN_TypeBTN1 | 1.0 | 6.23 | 0.0126 |
| s(Rate_of_aneuploid_cells):BTN_TypeBTN2 | 1.0 | 2.51 | 0.1134 |
| s(Sample) | 3.3 | 3.84 | 0.2736 |
Индивидуальный уровень: Влияние зараженности BTN1 и BTN2 на продукцию гамет
Индивидуальный уровень: связь роста с интенсивностью инвазии
| Член модели | edf | Chi2 | p-value |
|---|---|---|---|
| s(Last_ring):BTN_TypeBTN1 | 2.1 | 11.02 | 0.0001 |
| s(Last_ring):BTN_TypeBTN2 | 1.3 | 7.98 | 0.0022 |
| s(Rate_of_aneuploid_cells):BTN_TypeBTN1 | 1.0 | 3.31 | 0.0758 |
| s(Rate_of_aneuploid_cells):BTN_TypeBTN2 | 3.7 | 2.64 | 0.0412 |
| s(Sample) | 0.0 | 0.00 | 0.4321 |
Индивидуальный уровень: связь роста с интенсивностью инвазии
Индивидуальный уровень: связь роста с присутcтвием BTN разных линий
Популяционный уровень
Имеет ли смысл данный анализ?
Любая связь с тем или иным предиктором будет выражена в связи с ним пространственного варьирования экстенсивности инвазии (встречаемости зараженных мидий).
Если пространственное распределение экстенсивности инвазии случайно, то искать факторы, регулирующие распределение смысла не имеет.
Имеет ли смысл данный анализ?
Введем статистики
- Варьирование частот в пределах локации (масштаб нескольких метров) оценивалась, как сумма квадратов отклонений частоты в выборке от среднего значения для данной локации:
\[ SS_{within} = \Sigma\Sigma(p_{i,j} - \overline{p_i})^2 \]
где \(p_{i,j}\) - частота в j-й выборке в i-й локации, \(\overline{p_i}\) - среднее значение частоты для i-й локации.
Имеет ли смысл данный анализ?
Введем статистики
- Варьирование частот между локациями (масштаб километров) оценивали, как сумму квадратов отклонений частоты в локации от среднего значения по всем локациям
\[ SS_{between} = \Sigma(p_{i} - \overline{p_{total}})^2 \]
где \(p_{i}\) - частота в i-й локации, \(\overline{p_{total}}\) - среднее значение частоты, для всех локаций.
Случайно ли распределение BTN1 и BTN2?
Можно думать о том, что распределение BTN регулируется некоторыми факторами как на локальном (в масштабах метров), так и на региональном (в масштабах километров) уровне.
Локальный уровень нам пока недоступен для анализа
Предикторы для модели: абиотические
Самый очевидный абиотичесикй фактор - соленость варьирует в очень узких пределах: 7, 30 промилле.
Предикторы для модели: абиотические
Биотические предикторы для модели: Размерная структура
Биотические предикторы для модели: Размерная структура
Биотические предикторы для модели: Размерная структура
Биотические предикторы для модели: Скорость роста (OGP)
Биотические предикторы для модели: Общее обиле мидий в локации (проективное покрытие)
Модель со всеми предикторами
| Член модели | edf | Chi2 | p-value |
|---|---|---|---|
| s(Dist_Port):LineageBTN1 | 0.9 | 5.74 | 0.0490 |
| s(Dist_Port):LineageBTN2 | 0.0 | 0.00 | 0.8472 |
| s(fetch):LineageBTN1 | 1.0 | 8.37 | 0.0067 |
| s(fetch):LineageBTN2 | 0.0 | 0.00 | 0.7933 |
| s(Cover):LineageBTN1 | 0.0 | 0.00 | 0.7070 |
| s(Cover):LineageBTN2 | 0.0 | 0.00 | 0.3513 |
| s(PC1):LineageBTN1 | 0.0 | 0.00 | 0.5500 |
| s(PC1):LineageBTN2 | 0.0 | 0.00 | 0.4362 |
| s(PC2):LineageBTN1 | 1.1 | 8.89 | 0.0011 |
| s(PC2):LineageBTN2 | 0.0 | 0.00 | 0.9087 |
| s(OGP_sample):LineageBTN1 | 0.9 | 3.36 | 0.0335 |
| s(OGP_sample):LineageBTN2 | 0.0 | 0.00 | 0.7184 |
| s(Sample) | 0.9 | 8.20 | 0.0019 |
Визуализация значимых связей
Визуализация значимых связей
Большая вариация!
Проверка предсказательной силы модели
Модель, описывющая связь с абиотическими предикторами на тестовой выборке
| Член модели | Оценка параметра | SE | t-статистика | p-value |
|---|---|---|---|---|
| (Intercept) | -4.91 | 0.839 | -5.8 | 0.0001 |
| LineageBTN2 | 0.02 | 1.220 | 0.0 | 0.9881 |
| Dist_Port:LineageBTN1 | 0.03 | 0.011 | 2.5 | 0.0262 |
| Dist_Port:LineageBTN2 | 0.01 | 0.009 | 0.7 | 0.4731 |
| LineageBTN1:fetch | 0.02 | 0.060 | 0.4 | 0.6894 |
| LineageBTN2:fetch | 0.10 | 0.065 | 1.5 | 0.1537 |
Первичные данные: Связь с Fetch
Fetch
Первичные данные: связь с расстоянием до порта
Расстояние до порта
Первичные данные: связь с портом
Положение относительно порта
Первичные данные: связь с портом
Положение относительно порта
Итого…
Что можно сказать об экологии BTN
- На индивидуальном уровне повышение интенсивности инвазии (стадия заболевания) BTN1 могут снижать продукцию гамет. У BTN2 это влияние не столь выражено. Однако обе линии повышают частоту “кастрированных” хозяев по сравнению с незараженными моллюсками.
- На индивидуальном уровне BTN2 может ускорять рост мидии (паразитарная кастрация?)
- На популяционном уровне существуют некоторые факторы, которые регулируют распространение BTN в регионе.
- На материале 2023 г., собранном более или менее аккуратно, значимые связи с каким-то факторами выявлены только для BTN1
- На тестовой маленькой и плохо собранной выборке подтверждена связь BTN1 с расстоянием до порта.
Биологическая трактовка
- BTN2 кажется более эврибионтной линией, ее распространение меньше зависит от влияния изученных факторов. Возможно это достигается за счет более сглаженных отношений с хозяином.
Биологическая трактовка
Распределение BTN1 находится под более сильным контролем со стороны внешних факторов.
Возможно это связано с более жестким влиянием на хозяина и большей зависимостью от параметров среды во время пребывания клеток в воде. Возможно вода в районе порта токсична для клеток BTN1.
Альтернативная трактовка: BTN1 может дать вспышку, детектируюмую нашими методами, только в очень здоровом поселении мидий: вдали от порта, при хорошей аэрации воды или большей концентрации сестона связанными с более высокой турбулентностью счет прибоя, при хорошем пополнении поселения молодью, с высоким групповым ростом и т.д.